Microhidrocentralele afecteaza semnificativ ecosistemele raurilor şi produc distrugeri ireversibile. Un curs de apa indiguit, barat sau captat işi pierde foarte multe dintre caracteristicile initiale şi nu mai poate fi niciodata comparat cu un rau natural care deţine habitate sanatoase şi ecosisteme functionale.
Intrucat popularea cu specii pe cursul unui rau se face de la izvoare catre varsare, in sensul curgerii apei, microhidrocentralele fragmenteaza habitatele din lungul raurilor impiedicand refacerea unora dintre cele mai bogate faune de nevertebrate acvatice pe zonele din aval de captari sau izoland indivizii unor specii care se gasesc doar in raurile de munte. Un alt efect se manifesta prin distrugerea habitatelor ripariene (de pe maluri) formate din plante iubitoare de apa, de care depind specii de nevertebrate si animale cu care se hranesc pasarile si asa mai departe. Odata cu disparitia vegetatiei de pe maluri scade in mod semnificativ si functia de filtre de protectie a acestora, ceea ce alimenteaza nivelul de poluare al apei.
Microhidrocentralele produc efecte atat in amonte, cat si in aval. In amonte, prin schimbarea regimului de curgere si a ratei de sedimentare, apar acumulari de mal ce schimba structura faunei, prin inlocuirea celei adaptate la curgerea apei cu una specifica apelor domoale sau statatoare; in aval, prin reducerea debitelor, provoaca secarea baltilor temporare – habitate esentiale de reproducere pentru broaste si tritoni – si, in unele situatii, chiar la secarea albiilor.