Toate hidrocentralele au impact negativ major asupra speciilor si habitatelor acvatice, la fel ca si uzinele hidroelectrice mari. Amploarea efectelor este cauzata, pe de o parte, de efectele cumulative ale centralelor construite pe acelasi rau, iar pe de alta parte, de amplasarea eronata a microhidrocentralelor care sunt de multe ori construite pe sectoare de rau foarte valoroase din punct de vedere ecologic, insa putin valoroase din perspectiva potentialului energetic.
Comparativ cu hidrocentralele medii sau mari, microhidrocentralele au efecte daunatoare asupra mediului natural acvatic de cinci pana la opt ori mai mare, raportat la unitatea de energie produsa (efect specific, pe kWh produs). Astfel, din punctul de vedere al suprafeţei impactului, zona de rau afectata este extrem de mare: cca 200 m de rau afectati pentru un GWh pe an, in cazul centralelor mici, fata de aprox. 17 m pentru un GWh pe an, in cazul centralelor mari cu lacuri de acumulare.